ＨＳＰで実行ファイル作成を行うと実行ファイルのアイコンはカップとなります。
このカップのアイコンはどこで決められているのかと言うと、
実はこのカップアイコンがランタイムファイル内にリソースとして格納されており、
実行ファイル作成を行うと、このアイコンが適用されるようになっています。

つまりランタイムのアイコンを置き換えておくと、
次からは書き換えられたアイコンが使用されるようになるわけです。
拙作ツールなら、このランタイムのアイコン自体を変更できるので、
カップアイコン以外のアイコンを基本にして実行ファイル作成をしたい時は、上記のツールで書き換えてみてください。

尚、ランタイムファイルと言うのは「HSPdir/runtime」フォルダに入っているファイルを指しており、
実はそのファイルの拡張子が「hrt」となっているけど中身は「exe」だから、
start.axをランタイムフォルダに入れて、ランタイムの拡張子を「exe」に変えて実行すると動くんです。
拡張ランタイムではないデフォルトのランタイムは「HSPdir」フォルダに直接入っているhsprtです。
一時ファイルであるhsptmpやobjと同じように見えるから…と削除してしまうと、
標準ランタイムを使用した実行ファイルが作成できなくなるので間違って消さないように注意してください。